Sistem perhitungan dalam akuntansi perpajakan menjadi hal yang penting, terutama di bidang perpajakan Indonesia. Indonesia sendiri menganut kebijakan self assessment yang mewajibkan Wajib Pajak, baik pribadi maupun badan untuk menghitung dan membayar sendiri pajaknya. Laporan Keuangan adalah sarana untuk menyajikan informasi keuangan secara periodik yang utamanya ditujukan kepada pemilik/pemegang saham dan kreditur. Laporan Keuangan sendiri dapat dikategorikan menjadi dua jenis, yaitu laporan keuangan komersial dan laporan keuangan fiskal. Laporan keuangan komersial merupakan laporan keuangan yang disusun berdasarkan standar akuntansi keuangan dan bersifat untuk mengetahui jumlah perhitungan laba maupun rugi secara kormesial. Sedangkan laporan keuangan fiskal merupakan laporan keuangan yang disusun sesuai dengan undang – undang perpajakan sehingga ditemukan Penghasilan Kena Pajak dan juga jumlah pajak yang terhutang.

1. Laporan Keuangan Komersial

Dalam Standar Akuntansi Keuangan dalam Kerangka Dasar Penyusunan Laporan Keuangan Paragraf 12, bahwa: “Tujuan Laporan Keuangan adalah menyediakan informasi yang menyangkut posisi keuangan, kinerja keuangan, dan arus kas entitas yang bermanfaat bagi sebagian besar kalangan pengguna laporan dalam pembuatan keputusan ekonomi.” Selain itu, Laporan keuangan menunjukkan hasil pertanggungjawaban manajemen atas penggunaan sumber daya yang dipercayakan kepada mereka. Namun demikian, Laporan Keuangan tidak menyediakan semua informasi yang mungkin dibutuhkan pemakai untuk pengambilan keputusan ekonomi karena secara umum menggambarkan pengaruh kejadian di masa lalu dan tidak menyediakan informasi non-keuangan. Laporan Keuangan yang lengkap meliputi:

• laporan posisi keuangan (neraca) pada akhir periode,
• laporan laba rugi dan penghasilan komprehensif lain,
• laporan perubahan ekuitas,
• laporan arus kas,
• catatan atas laporan keuangan,
• laporan posisi keuangan pada awal periode komparatif.

Setiap komponen dalam Laporan Keuangan merupakan satu kesatuan yang utuh dan terkait satu dengan lainnya, sehingga dalam menggunakan perlu dilihat sebagai suatu keseluruhan bagi pemakainya, untuk tidak terjadi kesalahpahaman. Informasi tentang posisi keuangan perusahaan pada saat tertentu  terutama disajikan dalam laporan posisi keuangan. Sedangkan informasi yang memperlihatkan perubahan posisi keuangan perusahaan pada suatu periode tertentu disajikan dalam laporan laba-rugi komprehensif, laporan laba ditahan, laporan perubahan ekuitas dan laporan arus kas.

2. Laporan Keuangan Fiskal

Laporan Keuangan fiskal sebenarnya bukan istilah baku dalam terminologi akuntansi di Indonesia. Istilah ini digunakan oleh Direktorat Jenderal Pajak untuk menghitung laba fiskal perusahaan sesuai dengan peraturan perpajakan untuk menghitung Penghasilan Kena Pajak sebagai dasar untuk menghitung Pajak Penghasilan terutang. Penghitungan Penghasilan Kena Pajak ini biasanya berasal dari Laporan Keuangan komersial setelah dilakukan proses penyesuaian atau rekonsiliasi yang disesuaikan dengan ketentuan perpajakan.

Dalam sistem self assessment, Wajib Pajak diwajibkan untuk menghitung, memperhitungkan dan membayar sendiri pajak-pajak yang terutang berdasarkan ketentuan undang-undang perpajakan dan melaporkan ke kantor pelayanan pajak dengan cara mengisi dan menyampaikan Surat Pemberitahuan (SPT). Dengan demikian penentuan besarnya Pajak Penghasilan yang terutang berada pada Wajib Pajak itu sendiri. Pajak Penghasilan menganut sistem pemajakan komprehensif dengan mendefinisikan penghasilan berdasarkan tambahan kemampuan ekonomis. Pajak Penghasilan dikenakan atas dasar jumlah penghasilan yang dikenakan pajak yang diambil dari catatan pembukuan. Dalam perpajakan ditentukan bahwa Wajib Pajak dalam negeri diwajibkan untuk melaporkan pajak terutangnya kepada negara dengan menyampaikan SPT pajak yang dilampiri dengan Laporan Keuangan. Laporan Keuangan ini disusun khusus untuk kepentingan perpajakan dengan mengindahkan semua peraturan perpajakan.

Dalam UU KUP disebutkan bahwa “Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak yang wajib menyelenggarakan pembukuan harus dilampiri dengan laporan keuangan berupa neraca dan laporan laba rugi serta keterangan lain yang diperlukan untuk menghitung besarnya Penghasilan Kena Pajak.” Tapi dalam undang-undang ttidak dijelaskan mengenai jenis laporan yang harus disampaikan, apakah Laporan Keuangan fiskal atau komersial. Namun dapat ditafsirkan bahwa Laporan Keuangan yang dimaksud adalah laporan yang sesuai dengan ketentuan perpajakan. Laporan Keuangan yang disampaikan harus dapat menunjukkan keterangan yang cukup untuk penghitungan Penghasilan Kena Pajak.

Apabila Wajib Pajak  berkeinginan untuk menyusun Laporan Keuangan fiskal, maka hal-hal yang tercakup dalam Laporan Keuangan fiskal yang disarankan, terdiri dari:

• neraca fiskal;
• perhitungan rugi laba dan laba yang ditahan fiskal;
• penjelasan Laporan Keuangan fiskal;
• rekonsiliasi Laporan Keuangan komersial dan Laporan Keuangan fiskal;
• ikhtisar kewajiban pajak.