Sesuai dengan Per-16/PJ/2014 tentang Tata Cara Pembuatan dan Pelaporan Faktur Pajak Berbentuk Elektronik, saat ini pembuatan faktur pajak harus menggunakan aplikasi elektronik yang biasa disebut dengan e-faktur. Tidak ada perbedaan yang terlalu jauh dalam penerbitan faktur secara elektronik kecuali teknis penerbitannya saja.

Poin penting dari penggunaan aplikasi e-faktur adalah adanya proses upload data faktur pajak kepada server DJP. Upload data merupakan proses konfirmasi dari PKP terhadap isian data dalam faktur pajaknya untuk dicocokkan, divalidasi, dan diketahui oleh DJP. Jika data telah sesuai dengan standar aturan pembuatan faktur pajak, misalnya dalam hal penggunaan jatah NSFP, maka DJP akan memberikan persetujuan pada faktur yang di-upload tadi berupa pemberian status Approval dalam bentuk QR Code yang akan menempel pada faktur pajak saat dicetak.

QR Code ini adalah salah satu bentuk pengaman pada data faktur, khususnya sisi keamanan dari sisi pembeli sebagai pengguna faktur. Pembeli yang telah melakukan transaksi dan membayar PPN melalui penjual nantinya akan melakukan pengkreditan Pajak Masukan, jika data Pajak Masukan ini tidak valid atau ada penyalahgunaan oleh penjual maka dari sisi pembeli akan sangat dirugikan. Dari sisi lain, DJP juga akan mendapatkan informasi transaksi yang lebih realtime dan dapat lebih mudah melakukan pengawasan terhadap pemenuhan kewajiban yang dilakukan oleh penjual.

Dalam teknis penggunaan aplikasi e-faktur, PKP harus terlebih dahulu melakukan beberapa persiapan dan kemudian memperhatikan tata cara penggunaannya agar terhindar dari kendala-kendala teknis. Urutan tahapan yang harus dilakukan PKP untuk menggunakan aplikasi e-faktur yaitu:

1. Memperoleh kode aktivasi dan password enofa,
2. Memperoleh Sertifikat Elektronik dan passphrase,
3. Memperoleh jatah NSFP yang akan digunakan, permohonan untuk mendapatkan jatah NSFP dapat dilakukan secara manual ataupun elektronik,
4. Menjalankan aplikasi e-faktur yang sesuai dengan tipe Operating System pada komputer yang digunakan,
5. Melakukan proses register etaxinvoice dan register user pada aplikasi e-faktur,
6. Aplikasi e-faktur siap digunakan.

Secara prinsip, Faktur Penjualan yang telah memuat keterangan sesuai dengan keterangan yang disyaratkan dan pengisiannya telah sesuai dengan tata cara yang ditentukan dipersamakan dengan Faktur Pajak. Adapun yang dimaksud dengan dokumen tertentu yang dipersamakan dengan Faktur Pajak di sini adalah dokumen sebagaimana disebutkan di Pasal 13 ayat (6) UU PPN.

Ketentuan Pasal 13 ayat (6) UU PPN menyebutkan bahwa Dirjen Pajak dapat menetapkan dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak. Hal ini dilakukan terhadap dokumen yang biasa digunakan dalam dunia usaha sehingga untuk tujuan efisiensi kedudukannya dapat dipersamakan dengan Faktur Pajak.

Ketentuan ini diperlukan, antara lain karena:

1. faktur penjualan yang digunakan oleh pengusaha telah dikenal oleh masyarakat luas, seperti kuitansi pembayaran telepon dan tiket pesawat udara;
2. untuk adanya bukti pungutan pajak harus ada Faktur Pajak, sedangkan pihak yang seharusnya membuat Faktur Pajak, yaitu pihak yang menyerahkan BKP atau JKP, berada di luar Daerah Pabean, misalnya, dalam hal pemanfaatan JKP dari luar Daerah Pabean, Surat Setoran Pajak (SSP) dapat ditetapkan sebagai Faktur Pajak; dan
3. Terdapat dokumen tertentu yang digunakan dalam hal impor atau ekspor BKP Berwujud.
4. Dokumen-dokumen yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sesuai dengan PER-10/PJ/2010 stdtd. PER-33/PJ/2014 adalah sebagai berikut:
   a. Pemberitahuan Ekspor Barang (PEB) yang telah diberikan persetujuan ekspor oleh pejabat yang berwenang dari Direktorat Jenderal Bea dan Cukai dan dilampiri dengan invoice yang merupakan satu kesatuan yang tidak terpisahkan dengan PEB tersebut;
   b. Surat Perintah Penyerahan Barang (SPPB) yang dibuat/dikeluarkan oleh Bulog/DOLOG untuk penyaluran tepung terigu;
   c. Paktur Nota Bon Penyerahan (PNBP) yang dibuatkan/dikeluarkan oleh PERTAMINA untuk penyerahan Bahan Bakar Minyak dan/atau bukan Bahan Bakar Minyak, dokumen ini dialihkan menjadi pembauatan faktur pajak sejak terbitnya Per-26/PJ/2017 berlaku mulai 1 Januari 2018;
   d. Bukti tagihan atas penyerahan jasa telekomunikasi oleh perusahaan telekomunikasi;
   e. Tiket, tagihan Surat Muatan Udara (Airway Bill), atau Delivery Bill, yang dibuat/dikeluarkan untuk penyerahan jasa angkutan udara dalam negeri;
   f. Nota Penjualan Jasa yang dibuat/dikeluarkan untuk penyerahan jasa kepelabuhanan;
   g. Bukti tagihan atas penyerahan listrik oleh perusahaan listrik;
   h. Pemberitahuan Ekspor Jasa Kena Pajak/Barang Kena Pajak Tidak Berwujud yang dilampiri dengan invoice yang merupakan satu kesatuan yang tidak terpisahkan dengan Pemberitahuan Ekspor Jasa Kena Pajak/Barang Kena Pajak Tidak Berwujud, untuk ekspor Jasa Kena Pajak/Barang Kena Pajak Tidak Berwujud;
   i. Pemberitahuan Impor Barang (PIB) yang mencantumkan identitas pemilik barang berupa nama, alamat dan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) dan dilampiri dengan Surat Setoran Pajak, Surat Setoran Pabean, Cukai dan Pajak (SSPCP), dan/atau bukti pungutan pajak oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai yang mencantumkan identitas pemilik barang berupa nama, alamat dan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP), yang merupakan satu kesatuan yang tidak terpisahkan dengan PIB tersebut, untuk impor Barang Kena Pajak;
   j. Surat Setoran Pajak untuk pembayaran Pajak Pertambahan Nilai atas pemanfaatan Barang Kena Pajak tidak berwujud atau Jasa Kena Pajak dari luar daerah Pabean.
   k. Buktitagihan atas penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak oleh Perusahaaan Air Minum;
   l. Bukti tagihan (Trading Confirmation) atas penyerahan Jasa Kena Pajak oleh perusahaan perantara efek;
   m. Bukti tagihan atas penyerahan Jasa Kena Pajak oleh perbankan; dan
   n. Surat Setoran Pajak untuk pembayaran PPN atas penyerahan Barang Kena Pajak melalui juru lelang disertai dengan Risalah Lelang.