Dalam Pasal 2 ayat (6) UU KUP jo. PMK No. 147/PMK.03/2017 serta merujuk kepada PER-20/PJ/2013 sebagaimana telah diubah terakhir dengan PER-04/PJ/2020, disebutkan bahwa penghapusan NPWP dilakukan oleh Direktur Jenderal Pajak apabila Wajib Pajak sudah tidak memenuhi persyaratan subjektif dan/atau objektif sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan. Penghapusan NPWP dapat dilakukan baik atas permohonan Wajib Pajak maupun secara jabatan. Penghapusan NPWP atas permohonan Wajib Pajak atau secara jabatan tersebut dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan.
Penghapusan NPWP atas permohonan Wajib Pajak atau secara jabatan dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan terhadap:
- Wajib Pajak orang pribadi yang telah meninggal dunia dan tidak meninggalkan warisan;
- Wajib Pajak badan dilikuidasi atau dibubarkan karena penghentian atau penggabungan usaha;
- Wajib Pajak bentuk usaha tetap yang telah menghentikan kegiatan usahanya di Indonesia;
- Wajib Pajak bendahara pemerintah yang tidak lagi memenuhi syarat sebagai Wajib Pajak karena yang bersangkutan sudah tidak lagi melakukan pembayaran;
- Wajib Pajak orang pribadi yang telah meninggalkan Indonesia untuk selama-lamanya;
- Wajib Pajak yang memiliki lebih dari 1 (satu) NPWP untuk menentukan NPWP yang dapat digunakan sebagai sarana administratif dalam pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban perpajakan;
- Wajib Pajak orang pribadi yang berstatus sebagai pengurus, komisaris, pemegang saham atau pemilik dan pegawai yang telah diberikan NPWP melalui pemberi kerja/bendahara pemerintah dan penghasilan netonya tidak melebihi Penghasilan Tidak Kena Pajak;
- warisan yang belum terbagi dalam kedudukan sebagai Subjek Pajak sudah selesai dibagi;
- wanita yang sebelumnya telah memiliki NPWP dan menikah tanpa membuat perjanjian pemisahan harta dan penghasilan serta tidak ingin melaksanakan hak dan memenuhi kewajiban perpajakannya terpisah dari suaminya;
- wanita kawin yang memiliki NPWP berbeda dengan NPWP suami dan pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban perpajakannya digabungkan dengan pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban perpajakan suami; atau
- anak belum dewasa yang telah memiliki NPWP.
Dalam hal Wajib Pajak mengajukan permohonan penghapusan NPWP, maka harus melengkapinya dengan dokumen yang dipersyaratkan sebagai berikut:
- Surat keterangan kematian atau dokumen sejenis dari instansi yang berwenang dan surat pernyataan bahwa tidak mempunyai warisan atau surat pernyataan bahwa warisan sudah terbagi dengan menyebutkan ahli waris, untuk orang pribadi yang meninggal dunia;
- Dokumen yang menyatakan bahwa Wajib Pajak telah meninggalkan Indonesia untuk selama-lamanya, untuk orang pribadi yang meninggalkan Indonesia selama-lamanya;
- Dokumen yang menyatakan bahwa Wajib Pajak sudah tidak ada lagi kewajiban sebagai bendahara, untuk bendahara pemerintah;
- Surat pernyataan mengenai kepemilikan NPWP ganda dan fotokopi semua kartu NPWP yang dimiliki, untuk Wajib Pajak yang memiliki lebih dari satu NPWP;
- Fotokopi buku nikah atau dokumen sejenis dan surat pernyataan tidak membuat, perjanjian pemisahan harta dan penghasilan atau surat pernyataan tidak ingin melaksanakan hak dan memenuhi kewajiban perpajakannya terpisah dari suami, untuk Wanita kawin yang sebelumnya telah memiliki NPWP; atau
- Dokumen yang menunjukkan bahwa Wajib Pajak badan termasuk bentuk usaha tetap telah dibubarkan sehingga tidak memenuhi persyaratan subjektif dan objektif, seperti akta pembubaran badan yang telah disahkan oleh instansi berwenang sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan, untuk Wajib Pajak badan.
Terhadap penyampaian permohonan di atas, KPP memberikan Bukti Penerimaan Surat apabila permohonan dinyatakan telah diterima secara lengkap. Selanjutnya berdasarkan hasil Pemeriksaan dalam rangka penghapusan NPWP, KPP memberikan keputusan atas permohonan penghapusan NPWP yang disampaikan oleh Wajib Pajak. Keputusan tersebut dapat berupa Surat Keputusan Penghapusan NPWP atau Surat Penolakan Penghapusan NPWP. Adapun jangka waktu penerbitan keputusannya diatur sebagai berikut:
- 6 (enam) bulan sejak tanggal Bukti Penerimaan Surat dalam hal permohonan diajukan oleh Wajib Pajak orang pribadi; atau
- 12 (dua belas) bulan sejak tanggal Bukti Penerimaan Surat dalam hal permohonan diajukan oleh Wajib Pajak badan.
Apabila jangka waktu di atas telah terlampaui dan KPP tidak menerbitkan keputusan, maka permohonan Wajib Pajak dianggap dikabulkan dan KPP wajib menerbitkan Surat Keputusan Penghapusan NPWP dalam jangka waktu paling lama 1 (satu) bulan setelah jangka waktu 6 (enam) bulan atau 12 bulan tersebut berakhir.