Berdasarkan ketentuan Pasal 9 ayat (7a) UU PPN diatur bahwa besarnya Pajak Masukan yang dapat dikreditkan oleh Pengusaha Kena Pajak yang melakukan kegiatan usaha tertentu dihitung dengan menggunakan Pedoman Penghitungan Pengkreditan Pajak Masukan. Hal ini dimaksudkan dalam rangka memberikan kemudahan dalam menghitung PPN yang harus disetor untuk Pengusaha Kena Pajak yang melakukan kegiatan usaha tertentu.
Kegiatan Usaha Tertentu
Petunjuk pelaksanaan dari ketentuan di atas adalah PMK Nomor 79/PMK.03/2010 tentang Pedoman Penghitungan Pengkreditan Pajak Masukan bagi Pengusaha Kena Pajak yang Melakukan Kegiatan Usaha Tertentu. Dalam PMK ini diatur bahwa Pengusaha Kena Pajak yang melakukan kegiatan usaha tertentu, dalam menghitung besarnya Pajak Masukan yang dapat dikreditkan, wajib menggunakan pedoman penghitungan pengkreditan Pajak Masukan. Yang dimaksud dengan kegiatan usaha tertentu adalah kegiatan usaha yang semata-mata melakukan penyerahan kendaraan bermotor bekas secara eceran dan pedagang emas. Namun, untuk pembahasan mengenai pedagang emas sudah dicabut dan saat ini memakai PMK Nomor 30/2014.
Tata Cara Penghitungan dan Penyetoran PPN
Besarnya Pajak Masukan yang dapat dikreditkan bagi Pengusaha Kena Pajak di atas dihitung menggunakan Pedoman Penghitungan Pengkreditan Pajak Masukan, yaitu sebesar 90% (sembilan puluh persen) dari Pajak Keluaran, dalam hal Pengusaha Kena Pajak melakukan penyerahan kendaraan bermotor bekas secara eceran. Pajak Keluaran dimaksud, dihitung dengan cara mengalikan tarif 10% dengan Dasar Pengenaan Pajak. Dasar Pengenaan Pajak-nya adalah peredaran usaha.
Sedangkan PPN yang wajib disetor pada setiap Masa Pajak dihitung dengan cara besarnya Pajak Keluaran dikurangi dengan Pajak Masukan yang dapat dikreditkan sesuai pedoman, yaitu sebesar sama dengan 1% (satu persen) dari Dasar Pengenaan Pajak bagi Pengusaha Kena Pajak yang melakukan penyerahan kendaraan bermotor bekas secara eceran.
Pengusaha Kena Pajak yang menggunakan pedoman penghitungan pengkreditan Pajak Masukan ini tidak dapat membebankan PPN atas perolehan BKP dan/atau JKP sebagai biaya untuk penghitungan Pajak Penghasilan. Apabila terjadi retur, PPN atas penyerahan BKP dan/atau JKP yang dikembalikan atau diretur oleh pembeli, mengurangi PPN yang terutang oleh Pengusaha Kena Pajak penjual dalam Masa Pajak terjadinya pengembalian BKP dan/atau JKP, sepanjang Faktur Pajak atas penyerahan BKP dan/atau JKP tersebut telah dilaporkan dalam SPT Masa PPN.
Ketentuan Lain-lain
Pengusaha Kena Pajak yang melakukan kegiatan usaha penyerahan kendaraan bermotor bekas secara eceran wajib menggunakan pedoman penghitungan pengkreditan menurut ketentuan PMK Nomor 79/PMK.03/2010 ini walaupun Pengusaha Kena Pajak tersebut memenuhi kriteria sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (7) UU PPN dan PMK Nomor 74/PMK.03/2010.
Sementara itu, untuk pengusaha emas yang melakukan kegiatan usaha penyerahan Emas Perhiasan dan/atau jasa yang terkait dengan Emas Perhiasan, Pajak Masukan yang berhubungan dengan penyerahan tersebut tidak dapat dikreditkan (PMK Nomor 30/PMK.03/2014).
PKP yang sesuai kriteria dapat menggunakan Pedoman Penghitungan Pengkreditan Pajak Masukan, baik yang berasal dari kelompok dengan batas peredaran usaha ataupun kelompok kegiatan tertentu, akan menggunakan SPT Masa PPN dengan jenis SPT 1111DM. Sedangkan, teknis penerbitan faktur pajak keluaran tetap mengacu kepada ketentuan umum dan menggunakan aplikasi e-faktur.