Dalam Pasal 2 ayat (8) UU KUP jo. PMK No. 147/PMK.03/2017 serta merujuk kepada PER-20/PJ/2013 sebagaimana telah diubah terakhir dengan PER-04/PJ/2020 mengatur mengenai tata cara pencabutan pengukuhan PKP, di mana disebutkan bahwa pencabutan pengukuhan Pengusaha Kena Pajak dilakukan oleh Direktur Jenderal Pajak terhadap:

1. PKP dengan status Wajib Pajak Non Efektif;
2. PKP yang tidak diketahui keberadaan dan/atau kegiatan usahanya;
3. PKP menyalahgunakan pengukuhan Pengusaha Kena Pajak;
4. PKP pindah alamat ke wilayah kerja KPP lain;
5. PKP yang sudah tidak memenuhi persyaratan sebagai Pengusaha Kena Pajak;
6. PKP telah dipusatkan tempat terutangnya Pajak Pertambahan Nilai di tempat lain;

Pencabutan pengukuhan PKP juga dapat dilakukan atas dasar permohonan PKP maupun secara jabatan. Prosesnya dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan. Penerbitan keputusan atas permohonan pencabutan pengukuhan PKP dilakukan berdasarkan hasil Pemeriksaan dalam jangka waktu paling lama 6 (enam) bulan sejak tanggal Bukti Penerimaan Surat (sejak tanggal permohonan Wajib Pajak diterima secara lengkap). Apabila jangka waktu 6 bulan terlampaui dan KPP tidak menerbitkan keputusan, maka permohonan PKP dianggap dikabulkan dan KPP menerbitkan surat pencabutan pengukuhan PKP dalam jangka waktu paling lama 1 (satu) bulan setelah jangka waktu 6 bulan dimaksud berakhir.