Dalam hal terjadi pembatalan transaksi penyerahan BKP dan/atau penyerahan JKP yang Faktur Pajak-nya telah diterbitkan, maka Faktur Pajak tersebut harus dibatalkan.  Berikut 7 hal yang perlu diperhatikan:

1. Pembatalan transaksi harus didukung oleh bukti atau dokumen yang membuktikan bahwa telah terjadi pembatalan transaksi. Bukti dapat berupa pembatalan kontrak atau dokumen lain yang menunjukkan telah terjadi pembatalan transaksi.
2. Faktur Pajak yang dibatalkan harus tetap diadministrasi (disimpan) oleh PKP Penjual yang menerbitkan Faktur Pajak tersebut.
3. PKP Penjual yang membatalkan Faktur Pajak harus mengirimkan surat pemberitahuan dan copy dari Faktur Pajak yang dibatalkan ke KPP tempat PKP Penjual dikukuhkan dan ke KPP tempat PKP Pembeli dikukuhkan.
4. Dalam hal PKP Penjual belum melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan di dalam SPT Masa PPN, maka PKP penjual harus tetap melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
5. Dalam hal PKP Penjual telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Keluaran, maka PKP penjual harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
6. Dalam hal PKP Pembeli telah melaporkan Faktur Pajak tersebut dalam SPT Masa PPN sebagai Faktur Pajak Masukan, maka PKP Pembeli harus melakukan pembetulan SPT Masa PPN Masa Pajak yang bersangkutan, dengan cara melaporkan Faktur Pajak yang dibatalkan tersebut dengan mencantumkan nilai 0 (nol) pada kolom DPP, PPN atau PPN dan PPnBM.
7. Pembatalan faktur pajak dilakukan oleh pihak penerbit faktur namun saat faktur pajak telah dikreditkan oleh konsumen maka pembatalan harus dengan menunggu konfirmasi persetujuan dari konsumen, semua teknis pembatalan dilakukan menggunakan aplikasi e-faktur, dan NSFP atas faktur yang dibatalkan tidak dapat digunakan kembali.