Pada analisis Transfer Pricing Perusahaan harus memperhatikan prinsip kewajaran dan kelaziman usaha (PKKU). Hal yang dibandingkan dalam suatu prinsip kewajaran dan kelaziman usaha adalah kondisi dan indikator harga transaksi yang dipengaruhi hubungan istimewa dengan kondisi dan indikator harga transaksi independen. Antara harga transaksi yang dipengaruhi oleh hubungan istimewa dengan harga transaksi independent harus dalam kondisi yang sebanding. Apa yang dimaksud dengan Sebanding? Menurut PKKU atau dikenal dengan istilah Arm’s Length Principle (ALP), dalam kondisi yang sama atau sebanding, harga atau laba transaksi yang dilakukan oleh pihak – pihak yang mempunyai Hubungan Istimewa harus sama dengan atau berada dalam rentang harga atau laba dalam transaksi yang dilakukan antara pihak-pihak independen atau pihak yang tidak memiliki hubungan istimewa.

Penerapan PKKU wajib dilakukan oleh Wajib Pajak dalam hal pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban di bidang perpajakan terkait transaksi yang dipengaruhi Hubungan Istimewa. Dalam PER-43/PJ/2010 stdtd PER-32/PJ/2011 Penerapan PKKU wajib dilakukan:

1. Berdasarkan keadaan yang sebenarnya
2. Pada saat penentuan Harga Transfer dan/atau saat terjadinya transaksi yang dipengaruhi Hubungan Istimewa
3. Sesuai dengan tahapan penerapan Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha

Direktur Jenderal Pajak berwenang untuk menentukan Harga Transfer sesuai dengan PKKU dalam hal Wajib Pajak :

1. Tidak menerapkan PKKU
2. Menerapkan PKKU namun tidak sesuai dengan ketentuan
3. Harga Transfer yang ditentukan Wajib Pajak tidak memenuhi PKKU

Dalam PER-43/PJ/2010 stdtd PER-32/PJ/2011 pasal 3 ayat 2, PKKU dapat dilakukan dengan langkah – langkah sebagai berikut:

1. Melakukan Analisis Kesebandingan dan menentukan pembanding;
2. Menentukan metode Penentuan Harga Transfer yang tepat;
3. Menerapkan PKKU berdasarkan hasil Analisis Kesebandingan dan metode Penentuan Harga Transfer yang tepat pada transaksi yang dilakukan oleh Wajib Pajak dengan pihak yang memiliki Hubungan Istimewa; dan
4. Mendokumentasi setiap langkah dalam menentukan Harga Wajar atau Laba Wajar berdasarkan ketentuan perundang – undangan perpajakan yang berlaku.

Dalam PER-32/PJ/2011 Pasal 3 ayat 3 dijelaskan bahwa PKKU (Arm’s Length Principle) mendasarkan bahwa harga atau laba atas transaksi yang dilakukan oleh pihak independen atau pihak yang tidak memiliki Hubungan Istimewa ditentukan oleh kekuatan pasar, sehingga transaksi tersebut mencerminkan harga pasar yang wajar (Fair Market Value / FMV). Tujuan akhir dari PKKU adalah penetapan harga transaksi afiliasi, meskipun pembanding harga transaksi dilakukan pada tingkatan indikator selain harga, yaitu laba kotor atau laba bersih operasi.